Сюжет:
Роман представляет чередование двух развивающихся параллельно повествований. Действие первого происходит в Москве тридцатых годов XX века, второе является вольным вариантом изложения событий Евангелия, а именно — тех его частей, что касаются суда над Иисусом Христом и его казни. Помимо этого, «московское» повествование имеет несколько причудливо переплетающихся сюжетных линий.

Следует отметить, что все авторы Священного Писания были учениками Христа. (Если быть точным, не все. Лука и Марк не были учениками Христа). Булгаков описывает те же события с позиции Сатаны, который очутился в Москве под именем Воланда. Сатана (Воланд) пытается сказать, что он не враг мира, что он так же неотделим от мира, как тень неотделима от света, и что он способен видеть мир во всех его противоречиях.

Булгаковский Иешуа действительно не соответствует церковно-православному пониманию статуса и миссии Иисуса Христа. Но есть и иные религиозные концепции, кто такой Иисус Христос. Если не брать секты и региональные верования, то из мировых религий альтернативный взгляд на Христа предлагает ислам: Иисус (по-арабски Иса Масих) — не Бог, но человек-Мессия, Посланник Божий, выдающийся Пророк, чудесно рождённый от праведной Марии (Мариам) по воле Божией без участия земного отца.

Это очень близко к образу булгаковского Иешуа, который распространяет учение от Бога, но сам на собственную Божественность не претендует. См. реплику Иешуа из текста книги: «Бог один. В Него я верю».

Кроме того, по исламскому вероучению, Иисус Христос имеет силу, данную от Бога, творить чудеса. А булгаковский Иешуа чудесно избавляет Понтия Пилата от мучившей его головной боли.

Однако полной аналогии между исламским Исой и булгаковским Иешуа опять же нет. По исламскому вероучению, Христос (Мессия — Масих) был не убит, а спасён и вознесён к Богу. Как и христиане, мусульмане ожидают второго пришествия Иисуса Христа (Иса Масих) накануне Конца света.

Совсем по-другому представлена роль «книжного злодея» Понтия Пилата — реально существовавшего римского прокуратора, наместника в Иерусалиме. По версии писателя, Понтий Пилат, будучи великим и умным человеком, бывшим воином, стал жертвой собственной трусости. Он понял как учение Иисуса, так и то, какую опасность несёт оно римским императорам, как, впрочем, и любым деспотам при абсолютной монархии. Он пытался до последнего спасти Иисуса, но после доноса Иуды не сумел пойти против власти Римской империи. После казни Христа Понтий Пилат приказывает убить предателя Иуду, а также беседует с учеником Христа Левием Матвеем, давая понять последнему, что он не понял своего учителя, иначе бы он не остался озлобленным. Понтий Пилат жалеет о казни — и даже после собственной смерти нет ему покоя.